“神通力”を持つ人間を「ヒミコ」、そして国家資格を得たヒミコを「神さま」と呼ぶ現代。祖母亡き今、ナギの実家の陽美谷神社がある町は神さま不在で困っていた。能力を引き継ぎ「ヒミコ」である双子の兄・たけるは引きこもり。神社を何とかするには自分が頑張るしかない！と思っていた矢先、町の子供が神隠しに遭ったという噂を耳にして…？スピリチュアルスクールドラマ、ここに堂々開幕――!!
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神さま学校に入学することになったナギは、サバイバル演習という難題にいきなりぶつかる。皆が神通力を用いて助け合う中、ま…
サバイバル演習も無事終わったかと思いきや、中間テストというピンチがナギにふりかかる！成績優秀なトータに教えを乞うナギ…
神通力別に師事する講師を決めなければならないが、まだ能力が判明していないために困るナギ。師事したい生徒に追い掛け回さ…
いよいよ体育祭がスタート！能力不明のため、神通力別の競技に参加できないナギ。ナギから何かを感じ取ったツクヨミに深夜の…
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