南半球が人の立ち入れぬ“禁断大陸”と呼ばれるようになって五百年。人類初の渡航に成功し、調査船団『パンドラ』が帰ってきた。その姿をひと目見ようと世界中から人が集まる中、パンドラの船長の娘ナユタも禁断大陸から持ち帰る成果物に心躍らせていた。エデン島で、ナユタが偶然出会ったのは謎の少年セン。センはナユタに「お前達は禁断大陸が『禁断』である本当の理由を知らない」と警鐘を鳴らす。センが語る禁断の正体とは!?
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首都アイギスに向かう仮面の男に追いついたセンだが、そこには「新人類」と呼ばれる新たな敵が! オルハと名乗る圧倒的な力…